Helsingfors grundades år 1550 av Gustav Vasa. Det var på grund av att han ville ta upp den ekonomiska kampen med Reval (nuvarande Tallinn) på andra sidan Finska viken. Det gick inte riktigt som han hade tänkt sig. Den tvångskommenderade befolkningen fick senare flytta tillbaka till sina hemorter. Ryssarna ockuperade Helsingfors år 1703. Innan det var staden svårt härjad av pest och andra oroligheter.
Finland blev självständighetsförklarat 6 december 1917.
Under andra världskriget bombarderades Helsingfors kontinuerligt. Förutom London och Moskva var Helsingfors den enda huvudstaden i de krigförande länderna som aldrig blev erövrat under kriget.
1900-talets första hälft var en väldigt våldsam tid för Helsingfors men staden fortsatte ändå att utvecklas. Helsingfors var en av de snabbast växande tätorterna i EU under 1990-talet.
OS hölls i Helsingfors år 1952. Metron öppnades 1975, Helsingfors tunnelbana. Vid millennieskiftet 2000 var Helsingfors en av Europas kulturhuvudstäder.